La facturation électronique deviendra progressivement obligatoire à partir du 1er septembre 2026. Elle concerne les échanges entre professionnels établis en France, avec une première échéance : avoir la capacité de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée par l’État.
Pour les médecins libéraux, l’enjeu est à distinguer selon la nature de l’activité exercée : les actes de soins sont en principe exonérés de TVA (en savoir plus) lorsqu’ils poursuivent une finalité thérapeutique, tandis que certaines activités peuvent relever quant à elles de la TVA.
Qu’est-ce qu’une facture électronique ?
Une facture électronique n’est pas une facture scannée ni un PDF envoyé par mail. Elle doit être émise, transmise et reçue dans un format structuré, par l’intermédiaire d’une plateforme agréée (PA). Cette plateforme assure la transmission de la facture entre le fournisseur et le client, ainsi que l’envoi de certaines données directement à l’administration fiscale.
Ce qui ne change pas pour l’activité de soins
Les consultations, actes cliniques et actes techniques réalisés dans une finalité de prévention, de diagnostic, de traitement ou de soin ne sont pas concernés par l’obligation d’émission de factures électroniques.
La réforme ne modifie donc pas :
- La facturation des actes aux patients ;
- Les feuilles de soins électroniques ;
- La télétransmission SESAM-Vitale ;
- Les circuits avec l’Assurance Maladie ;
- Les notes d’honoraires liées à des actes de soins exonérés.
Un médecin exerçant uniquement une activité de soins n’a donc pas, en principe, à émettre de factures électroniques pour ses actes médicaux.
Ce qui change : la réception des factures fournisseurs
Même lorsqu’il n’exerce qu’une activité de soins exonérée de TVA, un cabinet médical reçoit des factures professionnelles : logiciel métier, énergie, téléphonie, Internet, matériel médical, maintenance informatique, assurance, comptabilité, loyer…
À partir du 1er septembre 2026, les cabinets devront donc avoir la capacité de recevoir ces factures via une plateforme agréée.
Dans quels cas un médecin pourrait-il devoir émettre des factures électroniques ?
L’émission de factures électroniques ne concerne pas les actes de soins exonérés. Elle peut en revanche concerner certaines activités exercées en dehors du soin thérapeutique.
Sont notamment à vérifier auprès de son expert-comptable :
- Expertises médicales facturées à une assurance, une entreprise ou un organisme
- Actes de médecine esthétique sans finalité thérapeutique
- Prestations de conseil
- Formations ou interventions facturées à une structure
- Mise à disposition de locaux, de matériel ou de moyens
- Redevances ou refacturations dans certaines organisations de cabinet
- Prestations facturées par une SCM, une SEL ou une autre structure
Ce n’est pas le statut de médecin qui détermine l’obligation, mais la nature de l’opération facturée.
En médecine ou chirurgie esthétique, par exemple, seuls les actes poursuivant une finalité thérapeutique peuvent bénéficier de l’exonération. Les actes sans finalité thérapeutique sont eux soumis à TVA.
| Date | Ce qui change | Impact pour les médecins libéraux |
|---|---|---|
1er septembre 2026 | Obligation de réception des factures électroniques. | Les cabinets devront pouvoir recevoir leurs factures fournisseurs via une plateforme agréée. |
1er septembre 2027 | Obligation d’émission pour les PME, TPE et micro-entreprises. | Les médecins ou structures concernés par des opérations entrant dans le champ de la réforme devront émettre leurs factures électroniques. |
Comment se préparer ?
Les cabinets libéraux peuvent anticiper en quatre étapes :
- Faire le point sur leurs recettes : distinguer les actes de soins des éventuelles autres activités : expertise, conseil, formation, esthétique, redevance, mise à disposition de moyens.
- Identifier leurs principaux fournisseurs : logiciel métier, énergie, téléphonie, matériel, maintenance, comptabilité, assurance, loyer…
- Choisir une plateforme agréée : vérifier son immatriculation, sa compatibilité avec l’expert-comptable et les outils du cabinet, son coût, ses modalités d’archivage, son niveau d’assistance et ses conditions de sortie.
- Vérifier l’organisation pratique : accès à la plateforme, récupération des factures, validation, transmission au comptable, traitement des erreurs ou litiges.
En cas de question sur le périmètre de la réforme, le choix d’une plateforme agréée ou l’adaptation des outils, les médecins peuvent se rapprocher de l’administration fiscale, de leur éditeur de logiciel, de leur expert-comptable ou de leur banque.
Quelles sanctions ?
Des sanctions sont prévues en cas de non-respect des obligations. Le défaut de recours à une plateforme agréée pour recevoir les factures électroniques peut donner lieu, après mise en demeure restée sans régularisation pendant 3 mois, à une amende de 500 €, puis de 1 000 € si le manquement persiste.
Pour les professionnels effectivement concernés par l’émission de factures électroniques, une facture non conforme peut être sanctionnée à hauteur de 50 € par facture, dans la limite de 15 000 € par année civile.
Comment choisir la plateforme ?
- 1ère possibilité : Renseignez-vous auprès de vos partenaires qui peuvent proposer ce service : votre expert-comptable, votre éditeur de logiciel de cabinet, votre banque…
- 2ème possibilité : Souscrire auprès d’une plateforme agréée du marché parmi cette liste : https://www.impots.gouv.fr/je-consulte-la-liste-des-plateformes-agreees
À retenir
La réforme ne modifie pas la facturation des actes de soins ni les circuits avec l’Assurance Maladie.
Elle impose en revanche aux médecins libéraux d’anticiper la réception des factures électroniques fournisseurs à partir du 1er septembre 2026.
L’émission de factures électroniques ne concernera que les médecins ou structures réalisant des opérations entrant dans le champ de la réforme, notamment certaines activités accessoires soumises à TVA.
Ressources utiles
- Portail impots.gouv.fr sur la facturation électronique :
https://www.impots.gouv.fr/professionnel/je-decouvre-la-facturation-electronique
- BOFiP sur l’exonération de TVA des prestations de soins :
https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/14601-PGP.html/ACTU-2025-00032
